1.层间对齐很困难。

由于多层电路板层数较多，用户对PCB层间对齐的要求越来越高，通常，层与层之间的对准公差控制在75微米。考虑到多层电路板单元尺寸较大，图形转换车间温度高、湿度大，不同芯板不一致导致错位重叠，层间定位方式难以控制。

2.制造内部电路的困难

多层电路板由高TG、高速、高频、厚铜、薄介质层等特殊材料制成，对控制内部电路制造和图形尺寸有很高的要求，例如，阻抗信号传输的完整性增加了内部电路制造的难度。

开路和短路增加，短路增加，合格率低;信号层越薄，内AOI漏检的概率越大;内芯板薄，易起皱，曝光不良，蚀刻机易卷曲;高层板多为系统板，单位尺寸较大，产品报废成本较高。

3.压缩制造的困难

很多内芯板和预浸料重叠，在冲压生产中容易出现打滑、分层、树脂腔、气泡残留等缺陷，设计叠层结构时，应充分考虑材料的耐热性、耐压性、胶粘剂含量和介电厚度，制定合理的多层电路板材料叠层方案。

由于层数较多，对胀缩的控制和尺寸系数的补偿不能保持一致性，较薄的层间绝缘层容易导致层间可靠性试验失败。

4.钻孔难点

高TG、高速、高频、厚铜专用板的使用，增加了钻孔粗糙度、钻孔毛刺、清除钻孔污垢的难度，层数多，累计总铜厚、板厚，钻孔易断刀;密集的BGA和狭窄的孔壁间距导致CAF失效;厚板容易造成斜钻孔的问题。